东林寺是佛教（净土宗）的发源地，也被日本佛教净土宗和净土真宗视为祖庭。

东晋太和元年（公元366年），光禄卿浔阳陶范为慧永法师建西林寺。

东晋太元八年（383年），慧远大师践约来庐山拟偕慧永法师往广东罗浮山潜修，途经浔阳，见庐山清静足以息心，留住龙泉精舍，后移居西林。

太元九年（384年），桓伊任江州刺史，接受慧永提议，为慧远建东林寺。

太元十一年（386年），东林寺建成，慧远自此居东林寺。

太元十七年（392年），慧远以禅经律藏多未俱，乃派遣弟子法净、法领去西域求法，后取回不少梵本经典。七月二十八日，慧远与刘遗民等一百二十三人，结白莲社，共期往生西方，令刘遗民撰《发愿文》。

昙摩流支来关中，慧远派弟子致书祈请翻译《十诵律》原未译完部分。慧远致书鸠摩罗什，问大乘要义，鸠摩罗什一一作答。

义熙六年（410年），罽宾禅师佛驮跋陀罗入庐山，受慧远之请，译出《修行方便禅经》，慧远作序绍介赞扬。

义熙十二年（416年），慧远在东林寺往生。浔阳太守阮侃为造墓，谢灵运造碑文，宗炳立碑寺门。

梁太清中（547—549年），重开甘露戒坛，袭用慧远讲《金光明经》于林间之传戒法式。

隋开皇十二至十五年间（592--595年），天台宗智顗大师息迹东林，应寺僧之请，作书与晋王杨广（即隋炀帝）请“永禁公私停泊”，以利僧聚静修。杨广如其请，付有司颁命执行。

唐贞观年间，太宗皇帝游东林寺，并题“聪明泉”碑。

唐太和九年（835年），白居易以其文集六十卷藏于东林经藏中。其后复送文集后十卷及香山居士像于寺。

保大十二年（954年），敕建驮跋陀罗舍利塔，彭滨作记。其后南唐李主铸铁罗汉五百尊送东林寺，寺僧造阁以供奉之。

北宋元丰二年（1079年），神宗诏升东林为禅寺，南昌太守王韶请常总为东林住持。

元丰三年（1080年），大画家李公麟（号龙眠）为东林绘制《十八高贤图》。

元丰七年（1084年），常总陪同大文学家苏轼、黄庭坚游览东林胜迹，苏轼写下《宿东林寺呈总禅师》绝句。

南宋绍兴二年（1132年），民族英雄岳飞驻屯九江，曾作诗赠东林慧海上人，敦嘱慧海“重修莲社”，以期他日来山终老。

元代大德九年（1305年），东林寺莲宗善法堂主僧普度著《莲宗宝鉴》十卷，未几，奉旨刊版印行，流通中外。

明代正德十五年（1520年），大哲学家王守仁（号阳明）游东林寺，赋七言古诗并书，其石刻嵌在三笑堂壁间。

光绪十五年（1889年），康有为游东林寺，见厨下杂置诸碑铭片断，中有柳公权所书书残碑，嘱寺僧妥为保管。

光绪二十六年（1900年），东林寺诸建筑大体修复。山门“东林寺”三大字，寺僧云是康有为旧游时所书。

民国四年（1915年），东林住持妙理重建文殊阁，并将彭祖年所赠《三笑图》碑刻置于出木池旁。

民国二十三年（1934牛），江苏沙建庵所辑《庐山慧远法师文钞》，初次刊印流通。同年冬，远公影堂内壁嵌十八高石贤刻图象。

1967年，东林寺罹“文革”浩劫，佛像、法器遭砸碎，明代《金刚经》铜塔遭拆除，作废品变卖，僧众四散，果一法师下放九峰垦殖场。

1978年，庐山管理局决定恢复东林寺，6月18日请果一法师返东林，重任主持。同年，经江西省人民政府批准，东林寺列为全省重点文物保护单位，并作为全省第一个佛教圣地向国内外正式开放。

1983年，重建慧远塔院及佛驮跋陀罗舍利塔。次年佛诞节，举行两塔开光大典，日本净土宗访华团多贺谷、铃木信光一行莅临盛典，并奉赠《大正新修大藏经》。

1983年，被国务院列为汉族地区佛教全国重点寺院、国家著名佛教道场、江西省三大国际交流道场之一。

1984年，在海内外高僧大德和信众的支持下重建大雄宝殿，一九八九年竣工。

1990年，东林寺举行大雄宝殿落成庆典。

1990年，重建莲池。同年十月一日，日中友好净土宗协会理事长、佛教大学教授藤堂恭敬专程将原自东林引种之白莲种子回馈祖庭。

1991年，东林寺举行莲花法会，庆祝祖庭中兴，莲池再现。

1992年6月1日，东林寺举行莲社重建落成庆典及庐山东林净土宗文化研究会成立法会。

1993年2月28日，东林寺创办的“江西佛学院”正式开学，果一方丈兼任院长。夏，举办“首届庐山佛学院夏令营”。秋，重开甘露戒坛授千佛大戒。

1994春节，果一上人率两序大众发愿建造四十八米的阿弥陀佛接引像。

1994年3月6日4时10分，果一上人往生。

1994年秋，传印大和尚驻锡东林，升方丈座。

2003年9月，大安法师受传印大和尚嘱托，出任东林寺代方丈，全面主持东林寺各项工作。

东林寺净土苑规划伊始，便是以自然景观控制性规划为前提进行设计的。核心景观大佛坐落的位置，整个苑区中轴线走向，主要建筑规模、建筑标高等都基本保持了原控制性规划设计意向要求。

苑区建筑采用中国古代山林建筑群经典的空间层次布局方式，使整个东林净土苑依山就势，将中轴线规划为山门殿（暨天王殿）、三圣殿、大雄宝殿、拜佛台、接引桥、大佛台等数个区域，精心规划为三圣殿、拜佛台、大佛台等七个苑区。苑区空间开合有致，相得益彰。其间以钟鼓楼、登山阶梯、服务区等相互连接，形成一个既错落又呼应的空间整体。朝礼之路由缓渐陡，其间有虹桥飞跨，衔山接路。至宽阔的礼佛台前。